Referente Unità di Ricerca

Prof. Giancarlo Troncone

Professore Ordinario di Anatomia Patologica

Direttore del Dipartimento di Sanità Pubblica

Linee di Ricerca

L'attività dell'Unità di ricerca "Citopatologia e Patologia Molecolare Predittiva" si concentra sulle seguenti linee di ricerca:

• Valutazione dello stato mutazionale dei biomarcatori predittivi di risposta al trattamento in differenti neoplasie solide. L'attività di ricerca in questo ambito è volta a definire la valutazione dello stato mutazionale di sequenze geniche specifiche (KRAS, NRAS, EGFR, PIK3CA, BRAF, BRCA) che assolvono il ruolo di biomarcatori predittivi di risposta ai fini della selezione di pazienti affetti da determinate neoplasie solide (colon retto metastatico, polmone, ovaio, mammella, melanoma, gastro-intestinale stromale)  al trattamento con farmaci di nuova generazione [(anticorpi monoclonali (mAB) e piccole molecole mimetiche dell‘ATP (TKIs)]. L' attività è, inoltre, orientata all'ottimizzazione dei percorsi tecnico-analitici finalizzati alla ricerca delle alterazioni molecolari ad elevato impatto clinico mediante l'utilizzo di piattaforme di sequenziamento genico di nuova generazione (NGS) in grado di incrementare la sensibilità e la specificità dell'analisi per consentire il più corretto inquadramento clinico per il paziente oncologico.
• Valutazione delle alterazioni molecolari per la definizione della classe diagnostica dei pazienti sottoposti ad agoaspirato tiroideo. Nell'ambito del progetto TIRNET, finanziato dalla regione Campania, l'unità operativa è orientata alla valutazione delle alterazioni molecolari utili alla stratificazione diagnostica dei noduli classificati come indeterminati (TIR3A/B) pervenuti presso l'ambulatorio di Citopatologia. L'unità, che assolve il ruolo di centro hub nell‘analisi molecolare dei noduli a morfologia indeterminata nell'ambito della rete regionale, ha attivato un percorso diagnostico-analitico avvalendosi di tecnologie ad elevato impatto diagnostico (RT-PCR e NGS) con lo scopo di gestire l'elevato numero di test molecolari nella maniera più virtuosa da un punto di vista analitico e clinico.
• Biopsia Liquida per la profilazione molecolare dei pazienti oncologici. In questo ambito, l'unità operativa mira alla validazione analitica di fluidi biologici (urine, sangue, espettorato, liquido cefalo-rachidiano) quali fonti alternative di acidi nucleici per la ricerca delle mutazioni clinicamente rilevanti per la selezione dei pazienti oncologici al trattamento con farmaci di nuova generazione. Di particolare interesse è l'utilizzo del sangue periferico (liquid biopsy) ai fini dell'analisi molecolare dei pazienti affetti da carcinoma del polmone in stadio avanzato. Il percorso di ricerca è finalizzato all'ottimizzazione del workflow analitico-gestionale del campione attraverso l'implementazione di procedure validate e controllate (che spaziano dall' estrazione degli acidi nucleici all'analisi molecolare condotta mediante piattaforme di NGS) volte a massimizzare l'affidabilità diagnostica del cell free-DNA (cfDNA) in pratica clinica. Ideazione, sviluppo e validazione di dispositivi diagnostici per piattaforme di NGS per l'analisi delle mutazioni clinicamente rilevanti in pazienti oncologici. L'attività di ricerca è volta alla definizione e allo sviluppo di pannelli genici customizzati ideati per incrementare la sensibilità e specificità analitica dell'analisi molecolare per i biomarcatori predittivi di risposta al trattamento. Il pannello genico SiRe, progettato per la valutazione di 568 mutazioni clinicamente rilevanti distribuite tra i geni KRAS, NRAS, PIK3CA, EGFR, BRAF, c-KIT, PDGFRA, è stato validato dal punto di vista tecnico-analitico e clinico nel tentativo di realizzare un percorso diagnostico che permettesse di massimizzare le risorse consentendo simultaneamente di campioni di tessuto e di sangue per la ricerca delle mutazioni ad elevato impatto clinico. Il dispositivo, ha ricevuto certificazione RUO ed è stato oggetto di brevetto prima dell‘utilizzo in pratica clinica. In questo solco, è stato realizzato un pannello genico custom, RNA-based, in grado di analizzare su piattaforma NGS le traslocazioni geniche di chinasi (ALK, ROS1, RET, NTRK e le mutazioni causative dell'exon skipping di MET) che ad oggi rivestono un ruolo di primo piano per la gestione clinica del paziente affetto da carcinoma del polmone non a piccole cellule (NSCLC).

Finanziamenti derivanti da bandi competitivi.

Se si, indicare quali.

POR Campania FESR 2014/2020 progetto "Sviluppo di Approcci Terapeutici Innovativi per Patologie Neoplastiche Resistenti ai Trattamenti – SATIN.

Piattaforme Strumentali

L'unità di Citopatologia e Patologia molecolare predittiva è in possesso di quattro piattaforme di NGS (Ion Torrent PGM™, Ion Torrent S5, Ion Torrent S5 Plus; Genexus) e di due preparatori automatici di librerie per l'analisi in NGS (Ion Chef ™). In aggiunta, l'Unità dispone di un estrattore automatico (Qia-Simphony) utilizzato per standardizzare la fase estrattiva del cfDNA dei campioni di liquid biopsy. A disposizione dell'Unità si riportano tre termociclatori (MiniAmp) impiegati nelle fasi di lavoro dei campioni tissutali e di plasma, una piattaforma nanofluidica (Tape Station4200) per la valutazione quantitativa e quantitativa degli acidi nucleici estratti dai campioni preliminarmente all'analisi di NGS; una piattaforma di ibridizzazione massiva e parallela con sonde fluorescenti (n-Counter) utilizzata nella valutazione dei profili di espressione genica. Infine, l'Unità è dispone di due piattaforme RT-qPCR (Idylla™ ed EasyPGX) che permettono la piena automazione dell'analisi in Real time degli acidi nucleici

Terza Missione

Spin-off GENEDIN s.r.l.

1. Dal 2017 – in progress: Spin – Off del Dipartimento di Sanità Pubblica dell'Università degli Studi di Napoli Federico II  GENEDIN s.r.l. con sede legale in Via Giovanni Devoti 14 (Roma, Italia). Il primo dispositivo diagnostico, un pannello di sonde oligonucleotidiche per la caratterizzazione dei geni che predicono la risposta ai trattamenti farmacologici di nuova generazione per i pazienti affetti da carcinoma del colon- retto metastatico, del polmone non a piccole cellule, melanoma e tumori gastrointestinali stromali (certificato per la diagnostica in vitro dalla comunità europea – CE – IVD) è nato dalla valorizzazione industriale di un prodotto intellettuale (terza missione dell'Università) sviluppato dal Dipartimento di Sanità Pubblica.

Registrazione Marchi

1. Il marchio SiRe® che identifica i prodotti commercializzati dalla Spin – Off GENEDIN s.r.l., sviluppati valorizzando i prodotti intellettuali del laboratorio di Patologia Molecolare Predittiva del Dipartimento di Sanità Pubblica è di proprietà per il 50% dei soci proponenti pubblici della spin – off.

Sviluppo e validazione di pannelli genici per il sequenziamento massivo e parallelo di acidi nucleici estratti da prelievi di citologia agoaspirativa effettuati in pazienti affetti da patologia nodulare tiroidea con diagnosi per la definizione del rischio di malignità.  Il progetto finanziato dalla Regione Campania con legge regionale N. 24 DEL 29/12/2005, ha portato alla realizzazione della rete regionale TIRNET per l'esecuzione dei test molecolari in citopatologia tiroidea. Attraverso una piattaforma informatica (www.tirnet.it) alcune delle principali Aziende Ospedaliere della Campania (AORN Pascale, Cardarelli, Ospedale dei Colli, AOU Vanvitelli, ASL1-Ospedale del Mare, Moscati di Avellino e Presidio Ospedaliero "dell' Immacolata" di Sapri) inviano periodicamente presso i laboratori di Citopatologia Molecolare del Dipartimento di Sanità Pubblica dell' Università degli Studi di Napoli Federico II materiale biologico su cui sono eseguiti test molecolari (rilevazione mutazioni e fusioni). In una prima fase, è stato validato un test in RT-PCR per la valutazione delle alterazioni più frequenti nelle neoplasie tiroidee (BRAF, RAS, RET/PTC, PAX8/PPARg). Successivamente, è stato disegnato e validato un pannello preliminare per la valutazione di un numero maggiore di alterazioni (BRAF, EIF1AX, GNAS, HRAS, IDH1, KRAS, NF2, NRAS, PIK3CA, PPM1D, PTEN, RET, DICER1, CHEK2, TERT promoter), mediante tecnologie di sequenziamento di nuova generazione. Grazie alla partnership con Thermofisher Scientific è in corso il disegno e la validazione di una versione migliorata del suddetto pannello, che consentirà non solo la valutazione di un numero maggiore di alterazioni geniche ma anche la valutazione dell'espressione degli mRNA espressi dalle cellule tiroidee sia in condizioni fisiologiche che patologiche.

Personale afferente all'Unità